Юэн Гордон МакГрегор родился 31 марта 1971 года в Перте, Пертшир, Шотландия, в семье Кэрол Дайан (Лоусон) и Джеймса Чарльза МакГрегора, оба учителя. Его дядя - актер Денис Лоусон. Он вырос в Криффе. В 16 лет он оставил Академию Моррисона, чтобы поступить в Пертский репертуарный театр. Родители убедили его оставить школу и заняться актерским мастерством. МакГрегор в течение года изучал драматическое искусство в Кирккалдли в Файфе, а затем поступил на трехлетний курс обучения в лондонскую Школу музыки и драмы Гилдхолл. Он учился вместе с Дэниелом Крейгом и Алистером МакГоуэном, среди прочих, и ушел прямо перед окончанием школы, получив роль рядового Мика Хоппера в шестисерийном сериале Денниса Поттера "Губная помада на твоем воротничке" (1993). Его первой заметной ролью стала роль Алекса Лоу в фильме "Неглубокая могила" (1994), режиссера Дэнни Бойла, сценариста Джона Ходжа и продюсера Эндрю Макдональда. Затем последовали фильмы "Интимный дневник" (1996) и "На игле" (1996), последний из которых привлек к нему всеобщее внимание.
Сейчас он является одним из самых признанных критиками актеров своего поколения и играет роль Оби-Вана Кеноби в первых трех эпизодах "Звездных войн". МакГрегор женат на французской художнице-постановщице Еве Мавракис, с которой он познакомился во время работы над телесериалом "Кавана" (1995). Они поженились во Франции летом 1995 года, и у них есть четыре дочери. МакГрегор вместе с друзьями Джонни Ли Миллером, Шоном Пертви, Джудом Лоу, Сэди Фрост, Дэймоном Брайантом, Брэдли Адамсом и Джеффом Диханом создал продюсерскую компанию под названием "Natural Nylon" и надеялся, что она будет снимать новаторские фильмы, не соответствующие голливудским стандартам. МакГрегор и Брайант покинули компанию в 2002 году. Он был награжден офицером Ордена Британской империи в списке новогодних наград королевы 2013 года за заслуги в драматургии и благотворительности.
Режиссерский дебют Юэна состоялся в фильме "Американская пастораль" (2016), экранизации книги Филипа Рота, в котором Юэн также сыграл главную роль.
В 2018 году МакГрегор получил "Золотой глобус" за работу в телесериале "Фарго".