Хайден Кристенсен родился 19 апреля 1981 года в Ванкувере, Британская Колумбия, Канада. Его родители, Али и Дэвид Кристенсен, занимаются бизнесом в сфере коммуникаций. Он имеет датское (отец) и шведско-итальянское (мать) происхождение. Хайден вырос в Маркхэме, Онтарио, вместе с братьями и сестрами Кайлен, Хейса и Тове. Хейден решил стать актером, когда в возрасте восьми лет случайная встреча помогла ему сняться в его первом рекламном ролике для Pringles. Когда ему было тринадцать, он сыграл главные роли в нескольких драматических телесериалах.
Его самым большим прорывом стала главная роль в сериале Fox Family Network "Выше земли" (2000). В этом сериале Хайден продемонстрировал свой актерский талант в роли подростка, который подвергся сексуальным домогательствам со стороны мачехи и в отчаянии прибегает к наркотикам. Позже он снялся в телевизионном фильме "В ловушке фиолетовой дымки" (2000), где сыграл одну роль со своим другом Джонатаном Джексоном. У Хайдена также была роль в фильме Девственницы-самоубийцы (1999).
12 мая 2000 года было объявлено, что Кристенсен исполнит роль Энакина Скайуокера в приквелах "Звёздные войны. Эпизод 2: Атака клонов (2002) и Звёздные войны. Эпизод 3: Месть Ситхов (2005). Звезда была выбрана режиссером Джорджем Лукасом, потому что он чувствовал, что у Хейдена есть необработанный талант и хорошая химия с актрисой Натали Портман. Лукас ошеломил мир кино, выбрав тогда еще неизвестного актера после того, как отказался от таких громких имен, как Леонардо Ди Каприо и Джонатан Джексон, а также 400 других кандидатов.
Его роль трудного, непонятого подростка Сэма Монро в фильме Ирвина Уинклера "Жизнь как дом" (2001) принесла ему награду "Прорыв года" от Национального совета по рецензированию. Этот фильм также выдвинул его в номинанты на премию "Золотой глобус" и премию Гильдии киноактеров за лучшую роль второго плана. Затем Хайден снялся в фильме "Афера Стивена Гласса" (2003), в котором, по словам некоторых коллег настоящего Стивена Гласса, он сыграл жуткую и сверхъестественную роль.
Со времён "Звёздных войн" Хайден снялся в нескольких боевиках, включая "Телепорт" (2008) и "Мальчики-налётчики" (2010).
Когда он не работает, ему нравится проводить время со своей семьей (например, со старшим братом Тове), общаться с друзьями и изучать другие увлечения, такие как блюз, джаз и фортепиано.
Хейден состоял в отношениях с актрисой Рейчел Билсон с 2007 по 2017 год. У них есть ребенок, родившийся в 2014 году.